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第一話 「降星ノ夜」

無明領域の発生から10年の月日が流れ、拡大の不安から過疎化が進む都市、九字町。九久ノ智学園に通う優等生の鷺沼アカシは、人当たりの良い性格の友人・波戸イワトとともに教師に呼び出される。

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第二話 「死神ニ抱カレ」

“躯の歌を聞いた者は九日以内に謎の死を遂げる”。その噂が真実となったかのように、アカシ達の前で事件が起こった。エミルとマアムは“死神”が眠っているという噂の真相を確かめるため、廃病院に向かう。

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第三話 「過去ノ綻ビ」

“死神”、それは躯を倒すために作られしもの。アカシは “死神”のパイロットとしての訓練を開始するが、過度のストレスに苛立ちを隠せない。

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第四話 「混ゼルナ危険」

アカシたちパイロット候補生は、未開領域における模擬調査訓練として無人島へ降下した。「チーム全員の合流」が訓練のクリア条件となる中、イワトとライカは先行して無人島を訪れているヘイトの危険性を危惧する。

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第五話 「己虚シク」

マヴェスを操縦するために必要なのは、操縦者同士の思考の同調……。高い同調率を示したヘイトとエミルは、意図せずに無明領域付近での実地訓練へペアで参加することに。

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第六話 「キエ逝ク恐怖」

エミルを襲った最悪の事態に、アカシたちは深い悲しみに包まれていた。そんなパイロット候補生たちの気持ちを無視するかのように、24時間の警戒待機が命じられる。

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第七話 「孤独ノ采配」

“躯”が無明領域の外に出現したという事実は、学園を恐怖に陥れた。“死神”をベースとした試作機の実戦投入も急がれる中、パイロットの選考が開始され、夏入はある手段を企てる。

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第八話 「無謀禁域」

無明領域に飲み込まれた地区で、10年前に調査機が残したレコーダーからの信号が受信された。それはかつて、アオシの機体が残したものだった。

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第九話 「蒼キ鋼心」

無明領域から逃げ出たアカシ。しかしヘイトと二番機“セーヴル”は、安否も分からぬまま無明領域に置き去りとなっていた。“死神”にはもう乗らないとイクスを出ようとするアカシだが…。

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第十話 「君ノ歌」

自らが操る“死神”、ヘイトが操る二番機の秘密を知ったアカシは、静かに無明領域への再突入を決意する。精神侵食、そしてアオシとの記憶の混在に苛まれながら懸命に捜索を続けるアカシ。

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第十一話 「赤ノ慟刻」

アカシの帰還の後、夏入に詰め寄ったイワトたちは二番機の重大な秘密を告げられる。残酷な事実に憤る一同を意に介さず、夏入はさらに驚きの行動に出た。

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第十二話 「二人ヲ繋グモノ」

無明領域へ向かったアカシの無事をササメは祈っていた。本来の目的はヘイトと二番機の回収だが、ササメを守りたい一心で、現れた“躯”へ攻撃を続けてしまうアカシ。

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第十三話 「獣ノ咆哮」

アカシの危機を救ったマヴェス三番機“ギュールズ”のパイロットは真木ミナシだった。彼の駆るマヴェスの正体、その現実に打ちひしがれるアカシ。行き場のない怒りをぶつけるかのように、躯への反撃が開始される。

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第十四話 「思ヒ残シノオト」

拡大を続ける無明領域、依然として鷺沼アカシの行方は不明のままであった。残されたイワトたちは、「神隠しの子供たち」と呼ばれていることを知る。

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第十五話 「未明ノ欠心」

躯との激戦の後、謎の少女と光の渦にのみ込まれたアカシ。目覚めたアカシの目の前にはササメと瓜二つの少女がいた。無明領域の影響を受けない空間と、その傍に生える「九ノ樹」の秘密。

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第十六話 「一緒ノ約束」

幼いころに出会っていたアカシとツグミ、そしてガルグイユのメンバーたち。ツグミが見せた過去の記憶は、無明領域発生の原因を映し出していた。一方、活性化した無明領域の影響でイクスもイマシメの強襲にあう。

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第十七話 「無明ノ光」

無明領域でかつて犯した罪を思い出したアカシ。ツグミの目的は、アカシ達八人に対する復讐だった。復活した躯は、ツグミの狂気と怒りとともに、マアムとミナシを圧倒していく。

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第十八話 「読島ノ真実」

屍鋼化を食い止める「九ノ樹」の秘密を探るため、極秘裏にミナシたちの生まれた「読島」へ向かった須崎とアカシたち。イクスの実験跡にて起きた惨劇の記憶がミナシに流れ込む。

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第十九話 「黒キ入日」

ミメイを用いたマヴェスを操り、島民の思い残しにより生まれたイマシメを振り払う夏入。しかし、彼の身体は少しずつ屍鋼に蝕まれはじめていた。

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第二十話 「愛ノ重音」

読島から戻ったアカシたちの指揮権は須崎に譲渡されることとなった。無明石の秘密を解き明かしたいカサネは、夏入が残した資料を探しに廃病院へと向かう。

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第二十一話 「終焉ノ産声二君ハ」

“死神”のLIMであった鷺沼アオシは、カサネを助けるために死力を尽くし生命活動を停止した。決死の思いで夏入のサーバーから屍鋼化を治癒する手がかりをつかんだカサネは、無明石を解明する必要を告げる。

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第二十二話 「光、ソシテ光」

独り命令に背き先行するミナシ。ツグミをなだめるため躯の元に辿り着いたミナシだが、ツグミは彼の言葉を遮り怒りをぶちまける。急速に拡大する無明領域が、カサネや須崎のいるイクスタワーも包み込む。

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第二十三話 「最強ノ証」

ヘイトの一方的な共振により死神は駆動。マアムと協力し巨大化した躯に立ち向かうが、あと一歩のところで闇の中心に向けて躯が飛び立つ。死神でしがみ付いたアカシは、ツグミの元へ到達、ともに帰ろうと語りかける。

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第二十四話 「原罪、カコミライ」

“みんながひとつになる方法”の実現のため、ミナシは躯に自らと三番機、そしてアカシと死神を取り込ませた。過去の世界――躯の中で、アカシはササメの幻影に三番機の元に導かれる。

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