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第1話 新たなる旅立ち

銀河鉄道の運行と乗客の安全を守る治安部隊が空間鉄道警備隊（SDF）である。隊員・有紀学は謹慎処分を受け、実家のラーメン屋を手伝っていた。そのとき特急列車暴走のニュースを耳にする。

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第2話 冷静と暴走の狭間

銀河鉄道管理局は、深き緑に包まれた未開の惑星ウィルゴーに新たな駅建設のため調査を行っていたが、調査隊の消息が途絶えてしまう。捜索要請を受け、シリウス小隊はその星に向かう。

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第3話 宇宙に咲く花

宇宙を漂流する宇宙種子群の影響でアルタ線特急637号が立ち往生してしまった。苦戦を強いられるシリウス小隊だが新たな種子群が到達しようとしたとき、種子群に向けて一条のビームが放たれた!!

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第4話 スターダストブルース

無数の残骸が散らばる空域をビーム砲に追われながら進む641号。戦艦からの呼びかけに応答しない641号に戦艦の主砲が向けられた瞬間、ビッグワンが救助に現れ戦艦を後退させる。

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第5話 奈落の淵にて

勝手な判断で仲間を危機にさらしてしまったキリアン。バルジは一括するが、自分を過信するあまりに聞き入れられない。すると翌朝、ディスティニー駅に荷物を抱えたキリアンの姿があった。

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第6話 卒業

研修期間の終了が近づき浮かれ気味のキリアンに、学は厳しくあたる。調整を終えたビッグワンのテスト走行を兼ね、パトロールに出ようとするシリウス小隊に緊急事態の通信が。

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第7話 青い薔薇

美しい薔薇に囲まれた中継地点、ブルーローズ。消息を絶った808号の捜索のため、ビッグワンと飛龍はティアマト星域へ。だた、バルジとローレンスは過去に１度この星域を訪れていた。

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第8話 二人だけの任務

激しい戦闘でビッグワンの機関部は損傷し、緊急停車していた。原因は特注部品の劣化によるものだった。デイビットと学は、その星のどこかにいる凄腕の修理工を探す任務を任される。

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第9話 明日へ続く道

舞踏会が行われる特別列車の中には、シリウス、スピカ両小隊の姿も。今回の任務は王位を継承する王子の警護。列車は順調に運行し、継承式の行われるパルティスのある空域に来たが…!?

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第10話 葬られた未来

銀河鉄道空間軌道上に所属不明の船舶が迫る。船舶は軌道リング、キグナス６号に衝突する大惨事に発展。キグナス６号は、負傷した乗客を乗せ自力で付近の惑星エウメネスへとたどり着く。

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第11話 誰がための誇り

銀河鉄道の新たな道しるべであるデレクトゥス分岐点は、かつて未確認戦艦と交戦の末、学の父親・渉が散った場所。任務を終えたシリウス小隊とケフェウス小隊は、整備と補給のために立ち寄る。

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第12話 魂の翼

宇宙のオアシス惑星、エンポリウム。学ら３人は、任務のため特別急行列車ペルンシュタイン号とともにこの惑星を訪れていた。任務を終えた３人は、とあるコンサートへと出かけた。

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第13話 SDF、絶体絶命(前編)

破壊された列車の救助に走るシリウス小隊。常務員は列車を襲ったのはビッグワンだと証言する。そして、別の列車襲撃事件が発生。シリウス小隊は、そこでも身に覚えのない犯行を問われ困惑する。

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第14話 SDF、絶体絶命(後編)

SDFは総力を挙げて謎の武装列車を追うが、圧倒的な性能の差に撤退を余儀なくされる。戦闘データを解析をした結果、現在のSDFには対抗できる術がないが、バルジは秘策があるという。

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第15話 つかの間の幸福

学とルイは家族とはぐれた老人と出会う。老人の家族とは、１匹の猫。すでに妻を亡くしている老人には、その猫は、残された最後の家族であり、このまま置いて旅できない。

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第16話 招かれざる漂流者

デューア分岐点の宙域で次元断層が発生、列車事故が起こる。出場要請を受けたシリウス小隊は、事故現場付近で所属不明の救命艇を回収するがその中には、少女が一人乗せられていた。

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第17話 未知への出発

次元断層に飲み込まれたビッグワンは、別の宇宙へ飛ばされた。本部との通信もできず、空間軌道もない宇宙で彷徨うシリウス小隊だが、まずフレルを送るため、故郷の惑星へと動く。

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第18話 槍を継ぐ者

バルジは原生生物に襲われるゴンザを助ける。ゴンザは、村を襲う怪物ウーガスを倒しに行くのだという。ゴンザのウーガスに対する思いが気になったバルジは、ウーガスを追うことにする。

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第19話 霧が呼ぶ

救難信号を受信したシリウス小隊が発信源の惑星に停車。 学とルイは捜索に出るも、濃い霧により森をさまよう。森の中で明かりの灯る洋館を発見し立ち寄るが、思いもよらぬ歓迎を受け…!?

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第20話 旅路の果て

フレルの惑星を目指すシリウス小隊。謎の無人戦闘機を撃退し、集積回路から手がかりを得ようと分析を試みるが、それ以上に消費するエネルギーも大きく、運行に重大な影響を与えてしまう。

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第21話 再会

ファートゥムは次元のゆがみの影響を受けた荒野の惑星だった。フレルを送り届けにきた一行は、住民たちの手荒な歓迎を受ける。フレルが状況を説明するも、話を聞き入れようとしない。

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第22話 運命という名の迷宮

ファートゥム星が、突如出現した強襲空母の攻撃を受ける。ビッグワンは盾となって攻撃を防ぐが、車輌の損害は甚大なものになり、“悪魔”と呼ばれる謎の男から通信が入る。

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第23話 嵐、その向こうに

ビッグワンは、磁気嵐の中心へと進路をとった。磁気嵐の中、シリウス小隊は、驚くべき光景を目にする。それは、漂流していた宇宙戦艦や兵器を身にまとった巨大な機械要塞惑星だった…!!

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第24話 遥かなる誓い

戦闘班がコントロールへと向かうと、“悪魔”と呼ばれる男がいた。驚愕する学たち。宇宙と銀河鉄道の存亡のために突きつけられた苦渋の選択。愛する人と引き替えに学はどんな決断を下すのか!?

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第25話 我が心のシリウス小隊（前編）

船籍不明の宇宙艦艇群からの宣戦布告と侵攻が始まる。防戦一方だが、突如、後の襲来を告げる通信を残し敵艦艇群は撤退。熾烈な戦いを前に、バルジは各隊員に休暇を与えた。

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第26話 我が心のシリウス小隊（後編）

出場を前にして認めるに耐えないユキへの処遇に、シリウス小隊は落胆しつつ出場待機に就く。処置開始の直後、ある人物がユキのもとに…。全宙域の運命を懸けた総力戦が開始される！

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