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#1 きみを待ちながら

高校生の村上良太は、10年前に事故で死なせてしまったクロネコという少女の代わりに宇宙人の存在を証明すべく天文部で1人活動をしている。ある日、クロネコに似た少女・黒羽寧子がクラスに転入してきた。

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#2 魔法使い

村上は学校を欠席した寧子の自宅があるという住所に向かう。そして廃村で暮らす寧子を見つけ話をしていると、遠くから助けを求める人の声がした。だが人の声ではないと言う寧子に半ば強制的に帰らされるのだが…。

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#3 鎮死剤

学校を休んだ寧子を心配した村上は、彼女の家へ駆けつける。すると全身血まみれで倒れている姿を発見。目覚めた寧子は鎮死剤という薬を飲んでいたが、薬の数はあと10個。佳奈と2人で5日分しか残っていなかった。

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#4 失われた記憶

寧子はエキセントリックな行動を起こすこともあるが、ものを知らないだけで、頭は悪くないので学校生活を上手くこなしていた。そして天文台で生活していても不審に思われないように天文部に入部する。

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#5 天体観測

転入生・鷹鳥小鳥が天文部にやってきた。村上は親睦もかねて全員で天体観測会を企画。翌日の夜、山の高台で星を観察する小鳥のうなじに村上がハーネストを発見。また佳奈は小鳥が寧子を殺す予知を見る。

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#6 微笑の理由

薬が切れかけていた小鳥が姿を消し、1人で死ぬつもりだと推測した村上は焦り探し始める。どうにか血だらけで床に座り込んでいる彼女を見つけるが、薬を飲むことをかたくなに拒否。そして小鳥は語り出した…。

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#7 希望のかけら

1カ月分の鎮死剤しか無い村上は一縷の望みを持ち化学者の叔父・小五郎の元を訪れた。そして鎮死剤のコピーを依頼するが半年以上かかるという。ただし有効成分が結晶性化合物であれば1カ月で合成可能と言われ…。

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#8 残された手がかり

寧子から渡された端末に、ドイツ語のメッセージとある場所を示している地図、そしてパスワードを入力するフォームが表示された。村上とカズミは地形を手掛かりにしながら場所を特定しようとするのだが…。

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#9 模造の記憶

村上たちを探すために新たな魔女・奈波が投入された。奈波は記憶をスキャンする能力を使い、手掛かりを探そうとする。だが手掛かりが見つかると、なぜか監視する黒服から逃れ、1日だけ単独で行動をしようとする。

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#10 生きている証

期末テストが迫り、カズミは残り短い命なのだから勉強する意味がないとやる気がない。そんな彼女たちに村上は学業の大切さを説く。そこで小鳥はテストで頑張ったら何かご褒美があるならやる気が出る、と提案した。

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#11 突然の再会

Sランクの魔女・ヴァルキュリアが1107番の回収に動き出し、監視の魔法使いたちを殺し、駆けつけた機動隊もろとも山を吹き飛ばした。一方、寧子たちの居場所を知った魔法使い・初菜は天文台に現れ…。

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#12 魔女狩り

九とヴァルキュリアが天文台に現れた。村上と初菜は、奇策を使ってヴァルキュリアをハングアップさせようとする。さらに寧子も参戦するのだが力を使い過ぎてしまい、逆にハングアップしてしまう。

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#13 守りたいもの（最終話）

地球上の生命を絶滅させる信号アイン・ソフ・オウルが発動して、世界を覆い始める。戦うことを諦めて、神と全ての生命に祈りを捧げるヘクセンヤクトを横目に、村上たちは小鳥を救うため九の隠れ家へと走り出した。

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