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第1話 宇宙からの三匹

銀河系連盟から地球の調査隊として送り込まれたW3（ワンダー･スリー）。ボッコ、プッコ、ノッコはそれぞれ、ウサギ、カモ、馬に変身して調査を行うが、山火事に巻き込まれたところを少年･真一に助けられる。

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  ：25分

第2話 24時間の脱出

独裁国家･ボロタニア共和国のノーラン博士が、全世界を滅ぼすほどの発明を行った。それを知った独裁者は、博士に発明の軍事転用を迫るが、博士は世界平和のために活躍する秘密機関･フェニックスに助けを求める。

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  ：25分

第3話 シャングリラの謎

真一の兄であり、フェニックスの一員でもある光一の元へ、「釈迦の右手とシャングリラのツタに気を付けろ！」という死者からのメッセージが届いた。メッセージの謎を解き明かすため、光一は調査に乗り出す。

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第4話 くすの木物語

とある豊かな森が観光地として開発されることになり、木々が次々に伐採され、すみかを追われた動物たちは1本だけ残った大きなクスノキへ身を寄せていた。しかしそのクスノキまでもが伐採の危機にあった。

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第5話 浮ぶ要塞島

ある朝光一が目覚めると、そこは自分のアパートではなく、真一や両親が暮らす実家だった。なぜ自分が実家にいるのか理解できず首を傾げる光一に、両親は「東京に水爆が落ちて全滅した」と告げる。

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第6話 摩天楼動物園

子供と動物たちが触れ合える小さな動物園。しかし大金持ちの真名板氏は、動物園を潰してビルを建設しようと計画していた。立ち退きを拒否する動物園側や子供たちのため、真一とW3は立ち上がる。

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第7話 シバの女王

謎の磁気嵐の影響で、飛行機や船舶の事故が相次いでいた。原因究明のために立ち上がったW3は、秘密めいた鍾乳洞を発見する。その中には磁力兵器工場が作られ、シバの女王と名乗る美女が君臨していた。

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第8話 サーカスの怪人

平和運動の指導者に暗殺の危機が迫り、光一はボディーガードとして彼の護衛についていた。一方、真一とW3はサーカス見物に訪れていたが、真一はそのサーカス団の中に暗殺者が紛れ込んでいることに気付く。

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第9話 沈むな太陽

霊屋敷と呼ばれる古い西洋館を調べる真一とW3。しかしその館で出会ったのは幽霊ではなく、ミサという名の少女だった。ミサは天涯孤独で、病気のため自分の命も残りわずかだと語る。彼女を救うためW3は…。

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第10話 ミイラ工場

世界各地で原因不明の失踪事件が頻発していた。その事件の犯人は、ロケット技師のクラールだった。彼はロケット打ち上げに耐え得る硬直材をテストするために、人間をミイラ化する実験を進めていた。

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第11話 北の谷の決闘

学校のテストでカンニングの疑いを掛けられた真一。無実を訴えても誰にも信じてもらえず、真一はついに怒って家出をしてしまう。すると北の谷で、無実の罪で30年も服役していたという老人と出会う。

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第12話 モグラモチ計画

スモールショウ国が地底ロケットの開発に成功したと発表した。しかし調査すると、それはロケットではなく地底ミサイルだと判明。開発の真実を突き止めようとする光一は、ミサイルに乗り込むが…。

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第13話 食鉄魚

鉄を食べる新種の魚が、世界各国の船を次々に沈没させていた。実はその魚は、魚を愛するゴルゴア博士が生み出したものだった。博士は無秩序に殺されていく魚たちの敵を討つために、この魚を作り出したのだ。

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第14話 野犬の砦

南極に置き去られてから1年もの間、過酷な環境を生き抜いたシロという犬が救助された。人間たちはシロの勇気を讃え、勲章を与えようとするが、シロはある理由から人間を信じない犬になっていた。

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第15話 犠牲は許されない

突如、臨戦態勢を取り始めたビンゴ連邦。光一が同国へ潜入したところ、その理由は軍事回線の故障を、隣国からの攻撃と勘違いしたためだと判明する。しかし故障の原因は全く別のところにあった。

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第16話 我が名はエックス

自らを“00X”と名乗るその男は、諜報員になりたいと願っていた。ひょんなことから本物の諜報員である光一と知り合った00Xは、心の底から大感激。そして光一の後を付いて回り始めるのだが…。

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第17話 黒いエキス

光一が秘密機関･フェニックスに入った理由は、親友である山川の遺志を継ぐためだった。山川は彼の目の前で、死の商人･バスクに殺されていた。山川の世界平和への夢と、復讐のため活動を続ける光一は…。

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第18話 サイロ爆破せよ

サウーズ国が生物兵器の攻撃にさらされていた。その犯人を突き止めようと活動する光一は、生物兵器が同国を独裁国家とするため、反対派を全滅させようとたくらむ皇帝の指示で使われていることを知る。

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第19話 フェニックス物語

真一は兄の働くフェニックスの秘密本部に招待された。それはフェニックスが、いつもW3と共に事件解決に協力してくれている真一への感謝を示すためだった。しかし、その基地内にスパイが潜入して…。

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第20話 狂った標的

「世界をわが支配下に」と野望に燃えるフットラーが、ついに世界征服に乗り出した。まず手始めにピース国への侵略を開始したのだが、傭兵たちの中には歴戦の英雄であるクラベスとギロの姿もあった。

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第21話 火山の冒険

刑務所から武器密輸犯が脱走してしまい、密造拳銃を隠した火山へと向かった。ちょうど同じ場所に遠足に来ていた真一は、運悪く人質となってしまう。光一とW3は真一を救うため、火山へと急いだ。

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第22話 危険なステージ

人気歌手のシャーリーは、行方不明の父親を心配していた。実は父親は付き人に変装してシャーリーのそばにいたのだが、彼女はそのことに気付いていなかった。父親が変装をするのにはある理由があり…。

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第23話 嵐の対決

金塊輸送車の襲撃犯･アブハチは、逃走中に車ごと川へと落下した。川底に沈んだ輸送車を引き上げることは不可能なため、捜査が落ち着くまで金塊を川底に眠らせておくことにしたのだが、日照りが続き水が干上がり…。

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第24話 謎の発明家

知恵野ユタカという人物が開発したある兵器の設計図を盗むため、一流スパイたちが日本に乗り込んできた。光一はユタカと設計図を守るため戦うが、なぜかユタカは真一の家へと逃げ込んでしまう。

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第25話 死の自動車レース

ミン島で開催される国際自動車レースに、ナイ国の皇太子が出場。しかし皇太子の命を狙う暗殺者たちが潜んでいた。彼らは皇太子の車に時限爆弾を仕掛けるのだが、光一に見つかって失敗してしまう。

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第26話 海底にかける橋

銀河系連盟から、地球人に関する中間レポートの提出を命じられたW3。3人は真一や光一のような素晴らしい人間がいることを報告したいが、一方で卑劣な行為に身を投じる人間もいるために心が揺れていた。

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第27話 ダイヤモンドへの招待

行方不明となっている物理学者の家を訪れた真一とW3は、何と侵入者に鉢合わせてしまった。侵入者と戦い、彼らが盗んだ小包を奪い返した真一たちだったが、その中身をめぐるトラブルに巻き込まれてしまう。

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第28話 稲妻地帯

世界各地で突然、落雷による被害が続発していた。気象学会はこの落雷は自然現象ではなく、気象兵器によるものだと発表。事件の背後には失踪した人工雷の研究家･スカラベ博士の存在があるらしい。

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第29話 消された一日

W3の元へ飛来した小型円盤。そこには「早急に地球についての評価を下せ」という銀河系連盟からのメッセージが乗せられていた。しかしW3はまだ地球を破滅させるべきか、存続させるべきかの判断がつかない。

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第30話 ペンギン作戦

南極観測基地が破壊される事件が相次ぎ、解決のためにフェニックスから南極へ派遣された光一は、その犯人を特定した。それは南極開発が、環境や生態系を破壊していると信じるドアンという男だった。

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第31話 奇々怪々

ニュース映像に光一の姿が映し出された。光一は戦争状態にある国々の間に立って、解決のために懸命に働いていた。そんな光一の身を案じる真一とW3は、戦時下の町へ赴き停戦に導こうとするが…。

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第32話 ちびっこ合戦

真一はガキ大将とケンカをして自宅謹慎処分に。そして光一は、指名手配犯を自首させようと説得するが、脅迫していると誤解されて通報されてしまう。2人とも自分の正義を主張するが、窮地へ追い込まれてしまう。

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第33話 四人の魔女

美術館からピカセの世界的な名画を盗み出した犯人を追跡する真一とW3。犯人の老婆たちが逃げ込んだ館を調べると、そこには画家のピカセ本人が潜んでいた。何と彼は自国を追われ、亡命していたのだった。

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第34話 雪女

雪山で遭難した真一は雪女に助けられていた。その雪女は氷河期時代の人間で、現在は研究材料として身を追われており、山奥に隠れ潜んでいるのだった。真一とW3はその境遇を変えようとするのだが…。

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第35話 片眼の灰色オオカミ

アマチュア無線でロッテという少女と知り合った真一。ロッテの住む村は雪に閉ざされていて、狼も出没するため外出が難しいらしい。真一とW3はロッテの村へ食べ物を届けようと旅立つが、村で出会った狼は…。

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第36話 ジャングルの誓い

戦争が終わったことを知らないまま、現在も孤島に隠れ住んでいる元兵士が発見された。兵士の救助のために孤島を訪れた光一は、島に眠る財宝を狙う悪人との対決を強いられることになってしまう。

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第37話 アマゾンの謎

アマゾンの奥地にある、植物の生えない不思議な土地の調査に赴いた光一は、その土地の地下にインカ帝国の毒薬製造工場があることを突き止めた。しかもインカ帝国の王女と名乗っているのは光一の幼馴染みで…。

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第38話 恐怖のスキー大会

スキー世界大会の優勝候補であるロブは、大会直前に密輸団の取引現場を目撃してしまった。その影響で捕らえられてしまったロブは何とか脱出に成功するが、大事故を起こしてしまい大会への出場が絶望的に。

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第39話 砂漠の英雄

U国の水爆実験用の工場が次々に破壊され、調査に赴いた光一は、その犯人を水爆実験に反対する平和運動家たちだと突き止めた。平和を求めるが故に、暴力に身を投じる人間の心の闇をW3は見詰める。

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第40話 グランドピアノの秘密

町に怪談めいた噂が流れた。北の岬にあるトカゲ沢家に幽霊が現れ、夜な夜なピアノを弾いているらしいのだ。それはトカゲ沢氏と離婚し、自殺した夫人と娘の幽霊と言われているが、真一は早速調査を開始する。

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第41話 飛び出せブッコ

真一とクラスメートは修学旅行の船旅を楽しんでいた。一方その船には伝染病の菌を持ち込んだスパイたちも乗り込んでいたのだが、菌が漏れ出して子供たちが倒れてしまう。子供たちを救うためプッコが立ち上がる！

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第42話 W3西部へ行

西部でノッコそっくりのウマ･ジェロニモが殺された。その記事を読んだ真一とW3は、他人事ではないと考えウマ殺しの犯人を捜しに西部へと向かう。そしてその犯人らしき少年を見つけるのだが…。

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第43話 宇宙からのネズミ

地球征服をたくらむ宇宙人たちが侵略を開始した。彼らはネズミに化け、地球のネズミたちを従えて人間たちを攻撃する。一方W3は猫に変身したロッコと共に、侵略者たちから地球を守ろうと活躍する！

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第44話 動く大仏像

プッコは地球についての判断を下さなければと言うが、ボッコはまだ調査の途中だと取り合わない。これ以上銀河系連盟を待たせれば、自分たちの帰還も危ういとプッコは苛立ち始め、ある行動に出る。

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第45話 人工衛星ドロボウ計画

人工衛星のコントロールセンターが破壊され、何者かによって人工衛星が盗まれてしまった。この事件に巻き込まれた光一を救出しようと、W3は犯人たちに立ち向かうのだが、思わぬ反撃に遭ってしまう。

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第46話 大ワニ騒動

ワニが飲み込んだ機密書類カプセルを取り戻そうと、ポケラたちはワニを盗み出そうと試みる。その現場に居合わせた真一たちは、ワニを取り返して故郷に帰してやろうと考え、ワニの争奪戦が始まった。

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第47話 くたばれテキーラ

マヤ遺跡の調査に赴いた真一とW3。真一はこの機会に、ペンフレンドのカメルンに会おうと考えていた。しかしカルメンの村は山賊･テキーラに襲われており、カメルンも誘拐されてしまう。真一は救出を試みるが…。

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第48話 危険な風船旅行

プッコは反陽子爆弾を地中に埋め、自分だけ星に帰ろうと円盤に搭乗した。しかし円盤は故障して九州に不時着。さらに埋めたはずの反陽子爆弾が科学者たちの手に渡ってしまい、時限装置が作動する。

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第49話 スモッグミサイル

怪しい工場に迷い込んでしまった真一は、その工場がスモッグ爆弾の使用をたくらむ4Z団の隠れ家だと知る。しかも真一の救出を試みたプッコまでもが捕らわれの身となり、万事休すの事態となってしまう。

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第50話 へんてこマシン

ノッコが真一に頼まれて作った“てんてこマシン”が盗まれた。犯人は大臣に雇われたスパイたち。実は大臣はそのマシンで首相を暗殺し、国を乗っ取ろうとたくらんでいたのだ。W3の活躍でマシンは取り戻せたが…。

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第51話 地底のクジラ

湖に怪物が潜んでいると聞き、調査に赴いた真一とW3は、怪物の正体が黄金色のプランクトンを全身に付着させたクジラだと知った。W3はこの“怪物”を捕まえようとする興行師から、クジラを守ろうとするが…。

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第52話 さよならW3

とうとう銀河系連盟が地球を破壊することに決定した。そのことをプッコたちから打ち明けられた真一は、フェニックスに全てを話し、フェニックスはW3を地球の敵とみなして、彼らと戦うことを決意する。

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