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第1話 出発のバラード

鉄郎はメガロポリスステーションに行く途中、機械伯爵に襲われ母を亡くしてしまう。だが、謎の美女メーテルに救われ、機械の体をくれるという星を目指して、銀河超特急999号で旅に出ることに。

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第2話 火星の赤い風

火星の都、大シルチス。そこは赤い風が吹くだけのさびれた星だった。そこで鉄郎は999号に乗ることを夢みるゼロニモに撃たれ、パスを奪われる。だが、ゼロニモは恋人フレーメに銃を向けられる。

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第3話 タイタンの眠れる戦士

知り合ったウエイトレスのクレアに、亡霊から命を救われるが、クレアは砕け散る。土星の衛星タイタンでメーテルをさらわれてしまう鉄郎。救いに行こうとする鉄郎に、老婆は１丁の銃を手渡した。

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第4話 大盗賊アンタレス

999号を列車ジャックした大盗賊アンタレスは、鉄郎たちを人質にして、自分の家の前に999を停車させてしまう。彼は生身の人間でいるメーテルと鉄郎を気に入り、家の中に招待するというが…!?

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第5話 迷いの星の影

機械の体になった人間の、生身の頃の体が眠る冥王星。そこで鉄郎はメーテルが氷の墓場で涙するのを見てしまう。その夜鉄郎は、死んだ母の姿を借りた氷の墓場の管理人・シャドウに誘い出される。

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第6話 彗星図書館

彗星の巣・コメットステーション駅に到着した鉄郎は無重力の世界に驚く。そして、立ち寄った本屋で男に突然撃たれてしまう。医者に行くが、今度は治療のかわりに機械の体を押し売りされそうに！

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第7話 重力の底の墓場（前編）

重力の底に落ち込んだ999。遭難していた333に入るが、急激に数百年も時間が進んだようだった。鉄郎は、そこに現れた時間を操れる魔女リューズに気に入られ、彼女の家に無理やり連れて行かれる。

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第8話 重力の底の墓場（後編）

話を聞けば、リューズは好きな男のために自分の体を改造し続け、裏切られた悲しい女性だった。鉄郎はその気持ちを理解するが、「僕の未来は自分で決めたい」と告げる。その言葉にリューズは…!?

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第9話 トレーダー分岐点（前編）

銀河鉄道の路線が交わるトレーダー分岐点。駅周辺は、旅費しか持たない貧しい旅行者ばかりだった。「おごってあげるよ」の一言で、旅行者に追いまわされた鉄郎は、花子という女性に助けられる。

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第10話 トレーダー分岐点（後編）

眠ってしまった鉄郎は、花子に「野の花」駅行きの列車に乗せられてしまう。そこで鉄郎は、花子の結婚相手として、老いた両親に紹介される。喜ぶ花子の両親に、鉄郎も何も言えなくなり…!?

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第11話 不定形惑星ヌルーバ

形の定まらない星「ヌルーバ」で、鉄郎とメーテルは、形の定まらないヌルーバ星人に襲われ、体の型どりをされ、服を奪われてしまう。鉄郎とメーテルに化けて、999で旅をしようというのだ。

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第12話 化石の戦士（前編）

線路への置石のせいで「化石の星」に緊急停車した999。鉄郎は化石に興味を抱き、999から出てしまう。美しい化石に見とれていると、星の化石の番人に、化石泥棒に間違われて斬りつけられる。

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第13話 化石の戦士(後編)

盗賊団に捕らえられていた化石の戦士を救出した鉄郎だが、戦士はパスを奪ったまま逃走。恋人のリージャの化石と999でこの星を出ようというのだ。そんな中、再び化石化ガス雲が星に迫る！

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第14話 二重惑星のラーラ

全住人が機械化された星「完全機械化」。そこは、生身の人間を差別する傲慢な機械人間ばかりの星だった。そこで鉄郎は、ラーラという女医の車にわざとはねられてしまう。彼女の目的は!?

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第15話 水の国のベートーベン

「黒騎士の星」で一緒にこの星で暮らしてくれ、という黒騎士の頼みを断ると、黒騎士は逆上して槍を投げつけてきた。鉄郎をかばってメーテルが槍に串刺しに！ 鉄郎は黒騎士に立ち向かうが…!?

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第16話 蛍の街

体の光り方で身分が決まる星で、鉄郎はアニメ監督を目指す貧しい少女フライヤに出会う。お金をあげようとして断られる鉄郎。だが、彼女の部屋に呼ばれ、絵コンテを買って欲しいと頼まれる。

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第17話 装甲惑星

生き物全てが超硬質の装甲で覆われた星で、メーテルが装甲昆虫に貫かれ重傷を負ってしまう。鉄郎は医者を探しに列車から出てしまうが、この星には、たったふたりの住人しかいなかった。

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第18話 泥のメーテル

雨のやまない「雨の都」で、電話で女性から呼び出され、泥の池に引きずり込まれる鉄郎。そこにいたのは、メーテルという貧しい女性だった。一緒に住んでという彼女の願いを断る鉄郎だが…!?

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第19話 ざんげの国

清らかで名高い「ざんげの国」で、休暇をもらった車掌が強盗に襲われる。メーテルと鉄郎は車掌を慰めるが、噂が広まることを恐れた星の清潔管理局が、事件の記憶を消去しようと鉄郎たちを追う。

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第20話 プロフェッショナル魂

プロフェッショナルが集まる「思い出星」で、鉄郎はしばり首のプロと目を合わせてしまった。縛り首にされかける鉄郎。プロのガンマンにそれを救われるが、今度は早撃ちの訓練を強制される！

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第21話 枯葉の墓標

星の中が空洞になっているバレラーでは、鉄郎とメーテルは空中遊泳をしたりカウボーイに追われたりと、ひと騒動。「枯葉の墓標」ではブライヤという木でできた森木さんという人に出会うが…!?

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第22話 海賊船クイーン・エメラルダス

海賊船クイーン・エメラルダスに急襲された999は、抵抗空しく海賊惑星に停車を余儀なくされる。そこで女海賊エメラルダスに決闘を挑まれ、敗れたメーテルは体を奪われそうに！

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第23話 原始惑星の女王

文明社会と原始生活に分かれた「けんか別れ」。その原始的な星で、女王にされたメーテル。鉄郎は、そのメーテルの指示で、崖から突き落とされてしてしまうが、それはメーテルの作戦だった。

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第24話 次元航海惑星

傲慢な女王、エゴテリーナの意思のままに宇宙を航海する次元航海惑星。停車駅を次元航海惑星に破壊され、緊急停車した999。鉄郎たちは、女王に気に入られ食事に招待されたが…!?

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第25話 鋼鉄天使

工場だらけの星「マスプロン」。鉄郎は泊まったホテルを爆破されてしまうが、それは、星を汚しながら物を作り続ける政府に対し、反乱を企てる少女クローマリアの仕業だった。

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第26話 白骨の歌

恋人に裏切られ続け、そのたびに肉体を失ったという卵売りのホロホロ。胸に風穴のあいた、骨だけの姿になった彼は卵を買ってくれた鉄郎に罪を着せて、かつての恋人と新しい男を射殺してしまう。

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第27話 雪の都の鬼子母神

雪のやまない星で、メーテルとはぐれた鉄郎は腹を空かせた少女ユキに出会う。ビスケットのかけらをあげたお礼に、女の子の家に案内される。だが、その母親は、鉄郎をオーブンに入れてしまう。

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第28話 かげろう星の文豪

かげろう星に降りた鉄郎たちは、そこで大小説家・世井正雪と出会う。だが、世俗を捨てたはずの正雪はメーテルに惹かれ、鉄郎にとってかわろうと、鉄郎を星に置き去りにして999に乗り込む。

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第29話 サケザン大陸

ジャングルの星で大酒飲みの支配者・サケザンに捕らえられて、酌をさせられるメーテル。ライザという女性と、一度はメーテルを残してサケザンの住みかから逃れた鉄郎だが、再び戻って対決する！

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第30話 幽霊世界のフィラメント

ガス状の星「フィラメント」で999は、亡霊達のために停車させられてしまう。そこで、鉄郎は、亡霊の親子に連れ去られてしまう。子供の亡霊に、鉄郎の肉体を与えて復活させようというのだ！

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第31話 怒髪星

ケンカ早い「怒髪星」で、鉄郎は、機械伯爵の友人・機械公爵の雇った暗殺者に命を狙われ、豆腐屋に飛び込む。人情の厚い豆腐屋を巻き込むのを嫌った鉄郎は、お礼の金を置いて去ろうとするが…!?

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第32話 停時空間のかじられ星

999号の中で出会った宇宙戦士エドモンドの故郷・「甘い甘い星」は、かじられたリンゴのような姿になっていた。地面が甘くておいしいために、役人によその星に売り飛ばされていたのだ。

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第33話 ウラトレスのネジの山

ネジを専門に作る星「ウラトレス」。そこで出会った女性、ラセンに気に入られた鉄郎は、一緒に暮らしてくれと部屋に閉じ込められる。逃げた鉄郎を追ってきたラセンだが、自分を振り返ると…!?

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第34話 プレーテッド・シティの魔女（前編）

金メッキをしていないのは貧乏人だという星・「プレーテッド」で、メーテルがトランクを奪われる。ホイール・ロックという少年のメッキ代欲しさの犯行だった。だが、そこを母親に諌められる。

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第35話 プレーテッド・シティの魔女（後編）

メッキをする習慣に反抗して反乱を起こしたホイール・ロックの母親は、政府に殺されていた。その遺志を継ごうとするホイール・ロックに協力して、鉄郎は元凶である磁力メッキ塔に乗り込むが…!?

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第36話 大酋長サイクロプロス

ゴーストコロニーで、鉄郎たちはドクターサイクロプロスと、彼のクローンと出会う。かつて欠陥コロニーを作って信用を失ったサイクロプロスは、コロニーの安全さを証明しようとしていたのだ。

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第37話 ミーくんの命の館

花と動物がいる「ミーくんの命の館」という星は、子供に可愛がられていたペットの魂が集められた星だという。そこで、鉄郎は、メーテルが襲われていると勘違いをして、動物に銃を向けるが…!?

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第38話 卑怯者の長老帝国

「卑怯者の長老星」で999号はバラバラに！ 小心な大統領・デルムカデの仕業だった。彼の目的は機械の体になる勇気もないため、鉄郎たちを呼び寄せ、鉄郎の生身の体を手に入れることだったが…!?

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第39話 霧の都のカスミ

鉄郎とメーテルは、パスの入ったトランクを盗まれたが、犯人は逃げる途中で倒れる。この星の住人は百分の一の体力しかないのだ。余裕でトランクは取り返すが、パスは偽物とスリ替えられていた。

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第40話 球状住宅団の大酋長（前編）

球状の家が集まる「球状住宅団星」駅についた途端、大酋長にメーテルがさらわれた。ここの大酋長に逆らう者などいないのだ。鉄郎は自分を大人にしたような星野鉄五郎という人物に出会う。

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第41話 球状住宅団の大酋長（後編）

大酋長宅で鉄郎が見たのは、言いなりになるメーテルの姿。助けようとするが、宇宙に放り出されそうになる。一方、鉄五郎がかつてさらわれた恋人の死を知って怒り、大酋長の城に爆弾を仕掛ける。

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第42話 フィメールの思い出

「思い出の顔」駅の手前で、フィメールという乗客の女性が、列車妨害をし、999号は軌道を外れ事故を起こす。だが、どうやらフィメールは車掌の青春の頃の知り合いらしい。

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第43話 嵐が丘のキラ

嵐のやまない星で、鉄郎はパスを奪われる。犯人と疑ったキラという少年は知らないと言い張る。翌日、鉄郎の前に現れるキラ。犯人からパスを取り返すためにと、鉄郎と999号に乗り込むが…!?

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第44話 ワルキューレの空間騎行（前編）

「枯木の山」駅で、プライダーという青年が、恋人のアリスが稼いだお金で、歌で成功するため乗車してきた。鉄郎は、恋人にすまないという気持ちも見せず、歌ばかり歌う彼に腹を立てるが…!?

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第45話 ワルキューレの空間騎行（後編）

ワルキューレの母船に連れ去られた鉄郎たちは脱出を試みるが、プライダーが鉄郎をかばい、ワルキューレに刺されてしまう!! 他人の命を奪ってきたワルキューレは、かばい合う４人の姿に…!?

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第46話 エルアラメインの歌声

古戦場に降り立った鉄郎とナンミ、メーテル。そこは生体反応を感知して活動する完全自動化された戦車群の放置された場所だった。ナンミが戦車に撃たれた後、メーテルが突然銃口を鉄郎に向ける。

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第47話 永久戦斗実験室（前編）

戦争を観光資源とする星で、999は停車し、乗客たちは本物の戦闘を前に食事をする。鉄郎は目の前で兵士の死を目撃するが、その場にいた兵士・ゼーダに戦闘を喜ぶ客と思われ、命を狙われる。

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第48話 永久戦斗実験室（後編）

ゼーダは、女兵士サンタナの勧めで反乱軍に加わり、自分たちを戦わせて見世物にしている総統に対して戦闘を起こす。だが、裏切りものブルダスの密告により作戦は敵に知られていた。

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第49話 これからの星

勤勉な人たちが住む星を訪れた鉄郎たち。貧しいながら活気溢れた星。泊まった宿の夫婦も働き者。気持ちのいい歓待を受ける。だが、ふたりは突発性の台風によってパスと荷物をなくしてしまう。

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第50話 亡霊トンネル

音を吸収しないトンネルを操るイローゼという女性に999号が破壊されかける。一緒に来るように脅され、鉄郎はついていくが、彼女は他人が困るのを見て喜ぶように作られたアンドロイドだった。

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第51話 透明海のアルテミス（前編）

999の路線に、突如現れた巨大生命体。意志はあるが自力では動けない様子の星にめり込み、999は沈む。999を救うために、鉄道警備局が惑星を破壊しようと、震動波を発射することを決定する。

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第52話 透明海のアルテミス（後編）

透明な体の女性、アルテミスは実は不定形惑星の娘で、機械の体を手に入れたが、借金を返すために過酷な労働を強いられていた。最期に、母の中で眠るために帰ってきたのだ。

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第53話 鏡の星の鉄郎

メーテルが、999のパスを持つ鉄郎そっくりの少年、砂山学をホテルに連れてきてしまう。砂山学も999で兄と必死でお金を貯めてパスを手に入れたのだ。学の兄は、そのため命すら落としてしまった。

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第54話 終わりなき夏の物語（前編）

人型の昆虫インセクターの支配する星で、メーテルと鉄郎はインセクターにさらわれる。子供たちのエサとして茹でられるが、環境のせいか、お湯の温度が上がらず、殺されずに住んだ。

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第55話 終わりなき夏の物語（後編）

卵から生まれたインセクターの赤ん坊を、鉄郎は銃で撃てない。赤ん坊を乗せたまま発進する999。座席や床を食い散らかす赤ん坊たちのすごい食欲に、危機を迎えるかと思われたのだが…!?

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第56話 冷血帝国（前編）

「恐竜の星」で、友達になったチビという恐竜に、999に乗せてほしいと頼まれる鉄郎。小柄とはいえ恐竜サイズの乗車は不可能。困っている鉄郎が、今度は有尾人に襲われ、捕まってしまう。

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第57話 冷血帝国（後編）

自分の頼みが、鉄郎を困らせていると知ったチビは、恋人のレーデに伝言を頼む。鉄郎を有尾人の手から助けるレーデ。チビに会えないことに不満をいう鉄郎に、チビは再び会うことを決める。

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第58話 足音村の足音

幽霊が出ると噂の星で、鉄郎は水の幽霊に出会う。やよいという名の幽霊に言われるままに、鉄郎が木の根元を掘ると、包まれた荷物が。メーテルがやよいを追い払うが、包みの中にあったのは…!?

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第59話 なまけものの鏡

すべてがオートマチック化された星「なまけものの鏡」で、人間は家を破壊するほど肥満していた。サボリナという女性が、このままこの星にいたらダメだと考え、999に乗りたいと鉄郎に頼むが…!?

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第60話 大四畳半惑星の幻想（前編）

昔の地球と似ているが、999の存在を知らされてない星「明日の星」で、鉄郎たちは宇宙を旅することを夢見る少年、太郎にパスを盗まれる。そして、鉄郎たちは漫画家志望の男・足立太と知り合う。

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第61話 大四畳半惑星の幻想(後編)

食べ物に困って、働き始める鉄郎。だが、パスの再発行は認められない。パスを取り戻そうと駅で張り込む鉄郎たち。そこに、999に乗り込むべきかどうか決心がつかないままの太郎がやってきた。

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第62話 夜のない街

「完全睡眠法」によって、夜に外出することを禁じられた街「夜のない街」。そこで鉄郎は、心優しい怪獣ヘローンを盗撮しようとした男たちの騒動に巻き込まれ、警察に追われることに。

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第63話 ヤミヤミの姉妹

暗闇に包まれた星「ヤミヤミ」で、鉄郎は人工太陽を打ち上げようとしている、レランという娘を殺してほしいと頼まれる。人工太陽が上がり、闇が闇でなくなれば、何が起こるかわからないと。

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第64話 沈黙の聖地

大きな音をたてると犯罪になる星「沈黙の聖地」で、鉄郎はメーテルに止められながらも999を出てしまう。大声を出して捕まり、訳も分からず処刑されそうになり、シルビアという女性に救われる。

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第65話 交響詩魔女の竪琴

ほとんどの食料を、貢物として女王に捧げてしまうため、食糧不足にあえぐ星「魔女の竪琴」で、知り合ったニコライという少年は、わずかな食料のために殺されてしまう。鉄郎が見た意外な真実は？

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第66話 霧の葬送惑星

住民が全て機械化人間で、不老不死のため「死」という意識が薄く、無理矢理葬式をあげて悲しい雰囲気を楽しむことが習慣となった星「葬送惑星」。鉄郎たちは襲われ、生きたまま埋葬されるが…!?

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第67話 宇宙僧ダイルーズ

修行のために鐘を鳴らし続ける宇宙僧ダイルーズ。その共鳴作用で999は脱線。鉄郎の虫歯もボロボロになり、緊急医療小惑星に臨時停車するが、そこで生きることに失望した少年・ミカエルと会う。

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第68話 好奇心という名の星

惑星「好奇心」は、好奇心から、人間を捕らえては、体の中をのぞこうとしていた。999も強制着陸させられ、メーテルを裸にさせた上に、メーテルの体を切り裂くよう車掌を脅迫するが…!?

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第69話 Ｃ62の反乱

999の機関車C62が、客車を置き去りにして走り去ってしまう。それは鉄郎に課せられた「時間を食べるテスト」らしいのだが、鉄郎は、平気な顔で車掌やメーテルと楽しく過ごしていた。

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第70話 心やさしき花の都

美しい花が咲き乱れる「花の都」で住民は防護服を着て暮らしている。花が猛毒の花粉を撒き散らしているのだ。住民を花粉から守るためには、死刑覚悟で花を焼き払わなければならないのだという。

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第71話 賽の河原の開拓者

草も木もない「賽の河原」で、鉄郎たちは土地を耕す権兵衛、星を見捨てようとする息子の与作と出会う。作物が実るまで不屈の精神で畑を耕す権兵衛だが、畑を荒らす怪鳥の襲撃を受ける。

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第72話 大暗黒星雲アフリカ（前編）

「遊星キリマンジャロ」。そこは三重連の太陽が照らす、雪に包まれた世界。そこで鉄郎たちは紙のように平べったい生命体、ゴースト・ホッパーに拉致され、彼らの実験動物にされそうになるが…!?

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第73話 大暗黒星雲アフリカ（後編）

鉄郎たちは、牢からの脱出に成功し、ゴーストホッパーの聖なる女王と出会う。999の軌道を元に戻すことに協力する女王。彼女は、言うことをきかない部下達に対し反乱を起こすことを決めたのだ。

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第74話 17億６千５百万人のくれくれ星

全住民が物乞いの星を発車した999だが、物乞いをやめたイカリとナサケという夫婦が乗り込んでいた。物乞いの生活に嫌気がさし、自分たちの力で生きるべく、他の星に移ろうとしているのだ。

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第75話 水の国のシャイアン（前編）

「要求に応じなければ、列車を爆破する！」メーテルさえ知らない謎の惑星からの通信で、強制着陸を余儀なくされた999。そこは星のほとんどが海面に覆われた海洋惑星だった。

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第76話 水の国のシャイアン（後編）

ウォータープレスとの決戦を決意した酋長ナバロは、999で惑星を脱出したウォータープレスを宇宙船で追撃しようとする。トレインジャックに気づいた管理局は救援用の装甲車両を派遣するが…!?

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第77話 喰命聖女（前編）

次の停車駅は「雨が池」、停車時間は64時間23分。永遠に雨が降り続く街に下車した鉄郎とメーテルは、ホテルにチェックイン。だが、999に同乗していた他の客たちが騒ぎを起こしていた。

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第78話 喰命聖女（後編）

永遠に美しくあり続けるために命の火を呑む…そう語るクーフレームはメーテルの命の火を望んでいた。クーフレームに命じられるまま、旅館の老婆とアークという若い女性がメーテルを狙うが…!?

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第79話 時間城の海賊（前編）

惑星「ヘビーメルダー」。ここを通過すれば地球からアンドロメダに権限が移るという。到着直前、鉄郎たちはマントの男と出会う。彼は宇宙に４丁しかない戦士の銃「コスモガン」を所持していた。

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第80話 時間城の海賊（中編）

「メーテルは時間城の海賊と決闘をするために時間城に向かった」鉄郎はそう教えられた。しかし酒場では、時間城の支配者キャプテン・ハーロックを恐れて誰もまともに取り合おうとしない。

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第81話 時間城の海賊（後編）

過去の時間に落とされた鉄郎。鉄郎の母は過去と同じように惨殺された。「時間の流れは変わらない」ことを再認識した鉄郎は、自由に時間を操るレリューズの導きで、通常の時間の流れへと戻る。

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第82話 短かな生命の物語

次の停車駅「蝶の夢」は蝶の羽を持つ優雅な人々と、羽を持たない人々が同居するところ。蝶の羽を持つ人々は短命の民族。そのため短い生涯を楽しもうと、毎日を楽しく暮らすことが決まりだった。

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第83話 第３生命帯

最終戦争まっ最中の「第一惑星ザバ」と「第四惑星マヤ」。その近隣惑星「第五惑星」に停車するはずの999は、第五惑星爆発の知らせを受けて「第三惑星」への緊急停車を余儀なくされる。

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第84話 巨象の星

鉄郎が発見したメッセージボトルは惑星「アルカディア」で冒険中の探検家スタンレーのものだった。伝説の巨象ホノウを追っていたというスタンレー一行は、手紙によると困難な状況にあるらしい。

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第85話 愛の幻影惑星

幻影惑星「つかの間の恋」でメーテルを見失った鉄郎は、路上でポエムを売る女性・ナヤと出逢った。彼女はその場所から伺えるアパートに住む、画家志望の青年・レステルが気になるようだった。

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第86話 親知らず星のＵＦＯ

次の停車駅は「親知らずの星」、実はこの星では若者の家出が多く、停車駅付近には子供の帰りを待ちわびる親たちが、常に押しかけていたのだ。鉄郎たちが宿泊した旅館でも息子が家出していた。

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第87話 海からきたエルザ

「神の造りたまいし星」は常に軍事演習をしている惑星。乗客のチェックも厳しい軍事国家である。海底都市を築いて逃れていたスラロイド族と、彼らを軽蔑するブリッテン族が対立関係にあるのだ。

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第88話 運命の分れ星

「運命の分れ星」では、今まさに消滅しようとしている惑星から逃れた人々が、原始時代さながらの生活を送っていた。手先の器用な少年・ヤクもまたそんな「これからの人間」のひとりだった。

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第89話 ガンマン哀歌

「縛り首の星」。そこはまるで西部劇に登場するような荒野の町で、鉄郎はさっそくトラブルに首を突っ込む。この街では、採掘された金を巡って「ホワイト」「ブラック」の一味が対立していた。

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第90話 アンドロメダの雪女（前編）

アンドロメダの入り口「惑星スノーインカ」。鉄郎は、メーテルから「目を合わせただけで命を奪う」という雪女の噂話を聞かされる。夜中にラーメン屋に来た鉄郎の前に現れた客は雪女だった！

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第91話 アンドロメダの雪女（後編）

鉄郎を探していたメーテルは、機械の身体の押し売り・スノーロックという小男と出逢った。同じ頃、鉄郎は雪女に、「見たら死ぬ」という噂話がデマであることを教えられていた。

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第92話 海底都市の最期

「虹の帯の星」は核戦争が原因で、人々が海底の生活を余儀なくされたところ。鉄郎が知り合ったホテル従業員の正は、偶然移住用のパスを手にいれる。彼は同僚の久美子と脱出しようと考えたが…!?

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第93話 昆虫惑星の螢子

「昆虫惑星」は最近、謎の殺人事件が多発しているところだ。下車した鉄郎とメーテルはサラリーマンの殺害現場に遭遇する。昆虫に同情し、味方する女性・螢子が事件のカギを握っているらしい。

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第94話 ヤーヤボールの小さな世界（前編）

機関車のコンピューターが異常を感じ取った。何者かに空間軌道をねじ曲げられているらしい。車掌はさらに悪名高い「ヤーヤボールの小さな世界」が次の停車駅であることを機関車から告げられる。

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第95話 ヤーヤボールの小さな世界（後編）

鉄郎の旅の理由を聞き、ヤーヤボールは改めて鉄郎の「強さ」を実感した。そして自分より優れていることを理由に殺そうと企む。一方、メーテルは、鉄郎にヤーヤボールの秘密を探るよう頼んだ。

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第96話 フライング・クロ（前編）

「クイマ」は、強制的な機械化を推し進めるところ。この惑星には「キャッツ・ロイド」と呼ばれる機械化された猫と、「フライング・クロ」と呼ばれる空飛ぶ生身の猫一家がポリスを騒がせていた。

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第97話 フライング・クロ（後編）

鉄郎とメーテルはキャッツ・ロイドを追った先でネコアという女性と出逢った。彼女はキャッツ・ロイド「ミャウ」の主人で、ポリスから身を隠しているという。そして鉄郎にポリスの非道を訴える。

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第98話 宇宙に残った一冊の本

「忘れられた者の星」はこれから消滅する惑星だった。容赦なく照りつける太陽に荒廃した都市。人々は脱出するための準備に追われ、脱出資格を得るための申請書を持って役人へと押し寄せていた。

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第99話 四次元エレベーター

「底なし都市」は、ビルが地上と地下に極限まで伸びたところ。そこでホテルにチェックインした鉄郎とメーテル。だが、ホテルのエレベーターは、なぜか「使わない方がいい」らしい。

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第100話 ルーズゾーンの妖怪

「次の停車駅はルーズゾーン〜、停車時間はおおむね12時間〜」…999は車掌すら怠惰な気分にさせる「ルーズゾーン」へと突入。ルーズな気分に蝕まれた鉄郎は、999の車外へと投げ出されてしまう。

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第101話 永遠の夢追い星

999は「夢追い星」に到着した。そこは徹底した合理主義がなされている惑星で、職務に忠実ではない者は即刻処刑されるという。そのため政府に職務を任命されると、就きたい職業に就けないのだ。

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第102話 聖女王の反乱星

停車駅「聖女王の反乱星」は「ミツバチ族」「スズメバチ族」「ジガバチ族」が共存しているのだが、複数の女王を許さない習性のせいでミツバチ族とスズメバチ族が常に対立関係にあった。

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第103話 アンドロメダ千夜一夜（前編）

999は「アリババ」で突然の攻撃を受け、停車駅から遠く離れた砂漠の中心に不時着。鉄郎とメーテルは街に向かうため、車掌は駅で管理局に連絡するために、砂漠越えを余儀なくされる。

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第104話 アンドロメダ千夜一夜（後編）

アリババが差し向けた刺客により、鉄郎は怪鳥ロックに襲われ、999に戻ったメーテルは謎の女性に襲撃されてしまう。しかもメーテルを追ってきた盗賊と謎の女性の間で争奪戦が始まってしまう。

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第105話 若き戦士の伝説

停車駅「伝説」で下車した鉄郎は、道端で放心する人々を目撃。彼らは機械化人間で、生きる活力を失っているという…。鉄郎は、ホテルで眠りかけたところを、少年メームと少女サキに起こされる。

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第106話 幽霊駅13号

「私も999に乗ってみたいなぁ…」…辺境宙域で漂うように存在する実体のない兄妹。妹・クロサリスの言葉を哀れに想った兄・アロンは自らを機械化し、惑星となることで999を停車させようとした。

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第107話 キリマンジャロの鳥人

「キリマンジャロの騎士の星」は騎士道精神に則り、ふたつの国が正々堂々と戦争を続けるところ。そこで鉄郎は複葉機同士のドックファイトを目撃。隊列の中に、空中戦をサボる戦闘機を発見する。

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第108話 マカロニグラタンの崩壊

擬似戦争ゲームに興じる機械化人間のメインとサブ。彼らは惑星に残るたったふたりの住人として徹底管理されていた。しかし擬似戦争ゲームに飽きた彼らは999を利用し惑星からの脱出を考える。

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第109話 メーテルの旅（前編）

運行スケジュールの大幅な遅れを取り戻すために999が発動したワープ。しかしワープ空間には時間軸が異なるもうひとつの999が並走しており、現在の鉄郎たちの999と接触事故を起こしてしまう！

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第110話 メーテルの旅（後編）

ワープ空間で時間軸の違うもうひとつの999と遭遇した鉄郎たち。彼らはメーテルが遭難した遊星「ファントム」で謎の生命体と遭遇した。彼らは鉄郎が自分たちと同じ生身の存在であると知ると…!?

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第111話 惑星こうもり

「惑星こうもり」は、終着駅「プロメシューム」のひとつ手前の駅。そのため旅人は、本当に機械人間になるのか、生身でいるのか、ここで思い悩むのである。鉄郎もまた例外ではなかった。

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第112話 青春の幻影さらば999（前編）

ついに鉄郎は終着駅「プロメシューム」に到着した。しかし機械化人間になるか、生身のままでいるかの判断が未だにできないでいる。鉄郎が結論を下すまでに与えられた時間は24時間！

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第113話 青春の幻影さらば999（後編）

機械の身体を拒絶した鉄郎は、プロメシュームによって999もろともブラックホールに葬られようとしていた。メーテルもまた、父・バンに協力したせいで反逆者の烙印を押されて投獄されてしまう。

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