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第1話 伝説の闘士！炎のアグニモン

携帯に届いた謎のメール。その“未来を決めるゲーム”になぜか参加しなければならない気がして、拓也は駅へと急ぐ。そこで奇妙な形の電車へと乗り込み…!?

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第2話 光のヴォルフモン 地下迷宮の戦い！

スピリットを手に入れた拓也は伝説の十闘士・アグニモンへと進化したが、自分のしたことに呆然となっていた。彼のデジヴァイスからデジコードが開放され、失われた大地の一部がよみがえる。

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第3話 いじめは許さない！氷のチャックモン進化

デジタルワールドで冒険を続けることを決めた拓也たちに、謎の声からの指示が届く。その言葉に従って“森のターミナル”を目指して線路沿いを進むが、崖によって道が途絶えてしまう。

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第4話 私のキックは痛いわよ！女闘士フェアリモン

線路沿いを歩く拓也たちだが、途中で道がふたつに分かれていた。どちらの道に行くかで口論になり、別行動をとる拓也と友樹。森の中へ進んでいった泉たちは、「そよ風村」という名の駅に着く。

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第5話 大地を揺るがす雷パワー ブリッツモン！

拓也たちは「風のファクトリー」という工場にたどり着いた。そこにいたコクワモンたちは無理やり働かされているらしい。拓也たちはコクワモンを解放するために戦うことを決意するが…!?

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第6話 伝説の５闘士vs新たなる闘士

お金がないため食事も取れない拓也たちは、「助っ人募集メシ食べ放題」の看板に惹かれて、さらわれたカラツキヌメモンの娘たちの救出に手を貸すことにする。合流した輝二も一緒だ。

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第7話 空に浮かぶ街！トイアグモンのおもちゃの国

ギガスモンの攻撃で離ればなれになった子供たち。拓也、輝二、友樹の３人は空を飛ぶおもちゃの国へと飛ばされる。友樹はたくさんのおもちゃを見て、楽しそうに遊び始める。

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第8話 みんなを救え！進化するんだツノモン

緑の草原を歩く純平、泉、ボコモンとネーモンたちは、偶然出会ったデジモン小学校のトゲモン先生から誘われて小学校へと向かう。純平と泉はそこで、仲間外れにされているトゲモンに気づく。

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第9話 敵はチャックモン!? 謎のテレビの森

歩き疲れて野宿をしていた拓也たちは、ボコモンの本に隠されていたスピリットの秘密を知る。スピリットには人型と獣型があり、拓也たちはまだ人型に進化できるだけだったのだ。

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第10話 ビーストスピリットは制御不能!? ガルムモン進化！

拓也たちに黙って単独行動をとる輝二は、デジタルワールドのガキ大将と言われるゴツモンと出会う。ゴツモンはこの地に眠る伝説の闘士のスピリットを探していた。そこにグロットモンが現れる。

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第11話 俺を倒せ！伝説の闘士ヴリトラモン暴走

グロットモンに奪われた泉のスピリットをどうするかで、拓也と純平の意見が分かれた。ボコモンは占い師のシャーマモンに今後の行動を占ってもらおうとするが、またもグロットモンが襲ってきた。

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第12話 ほえろヴリトラモン！倒せギガスモン！

ヴリトラモンのスピリットを手に入れた拓也だったが、荒ぶる魂を制御できず、本能のままにガルムモンとブリッツモンに襲いかかる。だが、友樹の勇気が拓也本来の心を取り戻すことに成功させる。

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第13話 目覚めよセラフィモン！十闘士の秘密

ついに拓也たちは「森のターミナル」に到着。森の奥にある城が姿を現す。その城にいたソーサリモンの案内で、拓也たちは眠りについていたセラフィモンをデジヴァイスを使って覚醒させる。

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第14話 雷よ！岩をも砕け！ボルグモン決死のチャレンジ

拓也たちはメルキューレモンによってセラフィモンのデジコードを奪われた挙げ句、逃げることしかできなかった。しかしデジタマだけは守り通し、ボコモンのハラマキの中で育てることに決める。

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第15話 イカしたビースト進化！カルマーラモン

ビースト進化できないラーナモンは、自分のファンクラブを利用してビーストスピリットを探させていた。ファンクラブのトーカンモンたちはデジヴァイスを奪うため、ある罠を仕掛けようとする。

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第16話 強いだけじゃだめなのよ！美しき闘士シューツモン

ラーナモンはカルマーラモンに進化したが、ビーストスピリットを制御できずに撤退した。それを見たトーカンモンたちは幻滅し、デジヴァイスを売るために秋葉マーケットに向かう。

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第17話 ブリザーモン 吹けよ雪、呼べよ氷河！

秋葉マーケットへとやってきた拓也たちは、それぞれ手分けをしてトーカンモンたちの足取りを追う。友樹がナノモンの店でデジヴァイスを発見。ところがナノモンは友樹を信用せず、ある条件を出す。

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第18話 チキチキ！トレイルモン猛レース

「バラの明星」を目指す拓也たちはトレイルモンに乗って進んでいたが、途中の街で降ろされてしまう。今日は年に一度のシッポー祭の日で、祭りの目玉のトレイルモンレースが開催されるらしい。

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第19話 バーガモンを救え！友樹のピュアな心

トレイルモンレースに優勝した拓也たちは、バーガモンの村に招待された。村は、突然現れた巨大デジモンに襲われて廃墟と化していた。しかもハンバーガー屋の店長が連れ去られてしまったらしい。

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第20話 闇にひそむ謎の闘士 ダスクモン！

「バラの明星」を目指すトレイルモンが、拓也たちを降ろして去っていった。この先の闇の大陸に入ることを恐れたらしい。そこは神秘のベールに包まれ、調査に行って帰ってきたデジモンはいない。

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第21話 五闘士全滅!? 恐るべき闇のパワー！

闇の闘士・ダスクモンは、ビーストスピリットを失ったアルボルモンを簡単に殺してしまった。その冷酷さと強さに危険を感じた輝二は、隙を見てみんなを撤退させるが…!?

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第22話 我が家へ！拓也たった一人の帰還

ダスクモンに敗北して完全に打ちのめされた拓也は、闇のトレイルモンに乗って元の世界へ逃げ帰ってきた。だがその体は、人間でもデジモンでもない半獣半人のような姿に変わり果てていた。

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第23話 感じろデジモンの力！拓也渾身の作戦

拓也がデジタルワールドに戻ってきた。アグニモンとなって仲間を捜すうちに、いつしか今までには感じなかったデジモンとしての潜在能力に目覚めていく。

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第24話 対決ボルケーモン！純平、過去との激闘

闇の大陸での冒険を再開した拓也たちは、突如奇妙な場所へと迷い込んでしまった。そこで仲間からはぐれてしまった純平に、ボルケーモンが襲いかかってくる。

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第25話 友樹の孤独な戦い アシュラモンの罠

拓也たちの閉じ込められた不思議な空間。そこは伝説の十闘士・セフィロトモンの体内だった。十闘士のスピリットに対応したフィールドに拓也たちをバラバラに閉じ込めて戦おうという作戦らしい。

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第26話 ラーナモンの執念！女デジモン一騎撃ち

自分がデジタルワールドで一番美しいと思っているラーナモンは、その存在をおびやかす泉を抹殺しようと、ファンクラブの会員であるハニービーモンたちに罠を仕掛けさせるが…!?

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第27話 奇跡のダブルスピリット！ベオウルフモン誕生

純平、泉、友樹はセフィロトモンの体内から脱出するが、ダスクモンが輝二を追いセフィロトモンの中に入る。以前の戦いで輝二に心を乱されたダスクモンは、その原因を探ろうと輝二の記憶を覗く。

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第28話 拓也の融合進化 アルダモン技炸裂！

セフィロトモンの中に残る拓也の前にメルキューレモンが姿を現す。メルキューレモンは圧倒的な攻撃力に加え、スキャンしていたセラフィモンのデータを使い、その力と身体を我がものとする。

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第29話 逃走！変幻自在セフィロトモン

拓也たちはメルキューレモンを浄化して仲間たちと合流。セラフィモンの卵からパタモンも生まれ、一同は大喜びだ。だが、今まで動かなかったセフィロトモンが突如として行動を開始する。

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第30話 飛翔！闇の闘士ベルグモン

ベオウフルモンとダスクモンは一進一退の戦いを繰り広げながら移動していた。拓也たちはパタモンの不思議な力に導かれて後を追うが、ケルビモンの妨害によって行く手を阻まれてしまう。

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第31話 闇に眠る トレイルモンの墓場

ベルグモンは自分の記憶に混乱して戦場から飛び去り、拓也たちはひとり残された輝二とようやく合流を果たした。しかしベルグモンの正体が気になる輝二は、またしてもひとりで後を追ってしまう。

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第32話 明かされた過去！ダスクモンの秘密

ダスクモンは自分が輝二の双子の兄・輝一だということを思い出し、戸惑いの心を隠せずにいた。しかしケルビモンによって苦悩を憎悪へと変えられ、戦いの場に戻ってくる。

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第33話 新たなる闇の闘士！レーべモン＆カイザーレオモン

自分自身を取り戻した輝二だが、兄弟がいきなり現れたことに困惑し、気持ちの整理をつけることができない。拓也たちの経験を聞いて平静さを取り戻していくが、そこにケルビモンが現れる。

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第34話 決戦！バラの明星 オファニモン救出作戦

拓也たちはバラの明星に到着。そこにはケルビモンの城があり、デジタルワールド全土から大量のデータが集められていた。アグニモンたちはゴートモンからオファニモンの幽閉場所へと案内される。

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第35話 スピリットを一つに！拓也と輝二の究極進化

ケルビモンの目的は、デジタルワールド全土から集めたデータと伝説の十闘士のスピリットを吸収し、より強大なパワーを得ることだった。絶体絶命の窮地に、オファニモンが決死の覚悟を固める！

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第36話 勝利への飛翔！対決ケルビモンの城

拓也と輝二のデジヴァイスはさらなる進化を遂げた。そして全員の心がひとつになったとき、伝説の十闘士のスピリットの力によって新たな闘士・カイゼルグレイモンとマグナガルルモンが誕生する。

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第37話 決戦！命ある限り デジタルワールドを取り返せ

デジタルワールドのデータがケルビモンの城へと流れはじめた。ケルビモンがそこにいることを確信した一同は、最終決戦を決意。純平たちはカイゼルグレイモンとマグナガルルモンを送り出す。

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第38話 終わらない死闘！ルーチェモン復活の序曲

激闘の末、拓也たちはついにケルビモンを倒した。しかし、デジタルワールドの虫食いだらけの大地は何も変わらない。原因を突き止めようと山に向かった拓也たちは、そこでバロモンと出会った。

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第39話 これがデジタルワールド!? 月からの脱出！

拓也たちはロイヤルナイツの攻撃によって歪んだ時空に引きずり込まれ、デジタルワールドに三つある月の一つまで飛ばされてしまった。なんとかデジタルワールドに戻ろうと試行錯誤するが…!?

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第40話 選ばれし者!? エンジェモンを操る少年！

月からの帰還を果たした拓也たちは、鋼のエリアに来た。到着早々、山賊のサジタリモンが現れて身構える一同。しかしそこにエンジェモンを連れた人間の子供たちが現れ、サジタリモンを追い払う。

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第41話 スキャンさせるな！友情の豆の木

勝春たち４人と友樹が、突如現れたロイヤルナイツにさらわれてしまった。ロイヤルナイツの行く先が豆の木村だと聞いた拓也たちは、トレイルモンに乗ってその後を追う。

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第42話 デジタマを守れ！消えゆく命の奇跡

死んだデジモンのデータが戻り、デジタマとして新たな命をさずかる場所“始まりの町”に来た拓也たち。デジモンの赤ちゃんと接し、デジタルワールドを守りたいという気持ちを新たにする。

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第43話 故郷消滅！地獄の使者スカルサタモン

ボコモンの故郷である“炎の町”が狙われている！ 拓也たちが報せを聞いて駆けつけるると、隣にあったはずの緑の森はスキャンされ、ターミナルは避難してきたデジモンたちであふれていた。

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第44話 共に戦え！ゴツモンと輝二の誓い

ゴツモンはロイヤルナイツの手下であるナイトモン軍団に立ち向かい、絶体絶命の危機に。輝二たちはゴツモンを救い出すものの、デジタルワールドに残されたエリアは３ヵ所となってしまっていた。

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第45話 データかく乱作戦！アキバマーケットを防衛せよ

アキバマーケットにある氷のエリアのデータを守るべく、拓也たちは迎撃態勢を整える。住民を避難誘導する泉、データをシャッフルする純平、戦いの役に立てようと投石器を作る友樹…!!

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第46話 デジタルワールド消滅!? ルーチェモン暗黒支配

デジタルワールドに残された最後の場所・“光のエリア”。そのデータはオファニモンの城にあった。カイゼルグレイモンとマグナガルルモンは、気迫を武器にロイヤルナイツを追い詰める。

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第47話 ロイヤルナイツ散る そして…!!

拓也たちはトレイルモンに乗って、デジタルワールドから月に撤退した。そこでオファニモンやケルビモンの生まれ変わりである赤ちゃんデジモンたちと触れ合い、最後まであきらめないことを誓う。

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第48話 光と闇を一つに！輝一最後の願い

フォールダウンモードへと進化したルーチェモンの攻撃によって、三つの月が崩壊した。拓也たちはパタモン、ブロットモン、ロップモンの助けを得て難を逃れ、ダークエリアへと向かう。

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第49話 戦えスサノオモン ルーチェモン人間界到達!!

輝一の犠牲をきっかけに、拓也と輝二と十闘士のスピリットが融合して最強の闘士が誕生した。その名はスサノオモン。こうして始まった最終決戦は一進一退の攻防を繰り広げたが…!?

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第50話 時を越えて！新たな伝説の始まり

人間界に到達したルーチェモンを止めようと戦いを挑むものの、その不死身の身体にはダメージが与えられない。悔し涙が止まらない拓也たちの前に現れたのは、アグニモンたち伝説の十闘士だった。

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