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謎のくノ一

レオナルドは文句ばかり言うラファエロに怒り、リーダーを任せタートルズから離脱する。レオナルド以外の３人は、次々と人間を誘拐しているスネー草のアジトを探して下水道を行くが、ラファエロはいざというときに決断できず、リーダーの大変さを思い知る。一方、レオナルドは謎のくノ一、カライに出会い心ひかれるが、カライは敵対するフット軍団の一員だった。ラファエロはレオナルドを再びリーダーに迎え、２人でスネー草を撃破するが、スネー草はまだ死んでいなかった…

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  ：23分

先生がモンスター？

タートルズが以前倒したはずのファルコ博士が、隠れてラットで実験を繰り返していた。ミュータジェンでファルコ自身もラットキングに変身、ニューヨーク中のネズミを操り人間たちに復讐。スプリンターにもテレパシーで働きかけていた。必死に抵抗するスプリンターだったが、タートルズがラットキングを追いかけている間、ついに思考を支配されてしまう。モンスター化したスプリンターは、タートルズに襲いかかってしまう。

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  ：23分

守れ、地球のＤＮＡ！

カライは、タートルズがクランゲロイドと戦っている場面に遭遇。クランゲロイドのことを父シュレッダーに報告するが、相手にされない。一方、エイプリルは、学校のプロジェクトでDNAサンプルを届けるが、そこはクランゲの施設で、地球上すべてのＤＮＡを集めるための策略だった。エイプリルを助けに来たタートルズは、クランゲの施設を破壊、登場したカライとレオナルドが以前から知り合いだったことを知る。

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  ：23分

出撃！シェルレイザー

ドナテロが、クランゲのパワーセルを動力源にした高性能車両「シェルレイザー」を開発した。シェルレイザーで夜の街に出たタートルズは、タートルズのコスプレをした追っかけの男の子、バラバライザーに出会う。見かけと比べ何もできない彼に、ドナテロは忍術の基礎を教える。一方、脚をつけたフィッシュフェイスの戦闘力は非常に高く、タートルズは、パワーセルをクランゲに奪われてしまう。

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  ：23分

クランゲのアジト発見！

異次元である、ディメンションＸへのトンネルの電源、パワーセルをクランゲに取られてしまったタートルズは、ミュータントのワニ、レザーヘッドに取り戻す方法を聞きに行く。クランゲのアジトが近くのＴＣＲＩビルだとわかり、皆でアジトに侵入、そこで次元トンネル発生器を発見する。次元トンネルを壊そうとするが、トンネルからは岩の巨人が現れ、タートルズを打ちのめす。助っ人レザーヘッドはタートルズを助けようと巨人と共に次元トンネルの向こうへ消えていく・・・。

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  ：23分

恐怖のゴキスパイ

ドナテロがゴキブリにカメラを搭載させた、ゴキスパイをクランゲのアジト、ＴＣＲＩビルに潜入させたところ、クランゲが地球征服のために、地球の核に穴を開けようとしていることが判明。タートルズが、クランゲを阻止しようと出動すると、ミュータント化したゴキスパイに遭遇、どんどん巨大化し、ラファエロをしつこく追い回す。ゴキブリ恐怖症のラファエロは最初は逃げ回っていたが、ついにゴキスパイと対決する。

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  ：23分

抜け出せ！迷路地獄

クランゲの最新破壊装置を発見したタートルズは、回収しようとしてストックマンやドッグボッコたちとはちあわせ。ドッグボッコとフィッシュフェイスが気に入らないストックマンは、タートルズと一緒に「迷路地獄」に落とす。最初はドッグボッコらとケンカしていたタートルズだったが、迷路から抜け出すために助け合いストックマンをたおし脱出。一方、スプリンターは、くノ一の修行を始めたエイプリルに、武器として亡き娘ミワに渡そうと思っていた鉄扇を差し出すのだった。

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  ：23分

クランゲUFO現る　

クランゲのＵＦＯがあらわれ、タートルズをおそう。カライもクランゲの計画を知りレオナルドに協力することを提案する。最初は断るレオナルドだったが、スプリンターの「カンを信じろ」という言葉を思い出し、カライがシュレッダーからミサイル･ランチャーをうばいタートルズに渡せば、協力すると約束。しかし、タートルズが、シュレッダーを待ち伏せして攻撃するのを見たカライはレオナルドに怒り、自分はシュレッダーの娘だと伝える。

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  ：23分

ねらわれたエイプリル

シュレッダーは、つかまえたクランゲからタートルズを襲う理由がエイプリルだと聞き出し、カライにエイプリルを連れてくるように指示。一方、タートルズは、クランゲがニューヨークの水を変えようと計画していることを知り、それを食い止める。カライに襲われたエイプリルは、スプリンターの教えを生かしてカライから逃げる。それを知ったスプリンターは、エイプリルが地上で暮らすのは危険と、地下の隠れ家で一緒に住むよう言う。

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  ：23分

ミュータントになりたい！

タートルズにあこがれている男の子、バラバライザーは、敵と知らずにフット軍団に入っていた。タートルズの役に立とうとスパイをして、シュレッダーがミュータジェンで最強軍団を作ろうとしていることを知る。バラバライザーは、ドナテロが止めるのも聞かず、ミュータントになる実験第１号に立候補、ミュータジェンをかぶってゼリー状モンスターに変異してしまう。責任を感じたドナテロは、バラバライザーを助けにいく。

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  ：23分

ミケランジェロ危機一髪！

タートルズは、クランゲの秘密ラボを発見。そこに巨大なハチがあらわれ、レオナルドが刺されてしまう。そのハチは、刺した相手をウィルスで洗脳しハチの卵を守らせるというミュータントだった。感染してしまったレオナルドは、卵を守るためにほかの3人をおそい、ラファエロ、ついにドナテロまで感染させてしまう。1人残ったミケランジェロは、おそわれつつもドナテロが作りかけていた解毒薬を完成させてみんなを助ける。

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  ：23分

決死の救出作戦

エイプリルにナゾの音声データが届いた。ドナテロが解読すると、エイプリルの父親、カービーからのＳＯＳだった。エイプリルにいいところを見せたいドナテロは、１人で助けに向かう。ドナテロがいないことに気づいたほかのタートルズもあとを追う。タートルズはクランゲが作ったイモリのミュータントにジャマされながらも、クランゲのもとから、カービーを救う。地下の隠れ家で父親との再会をよろこぶエイプリル。しかし、それはシュレッダーとクランゲが仕組んだワナだった。

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  ：23分

ついに決戦！ （前編）

クランゲが、巨大なUFO、テクノドロームで地球を破壊するという、地球侵略計画の最終段階に入った。それを知ったタートルズは、計画を止めるために、クランゲのアジト、TCRIビルに向かう。なんとか次元トンネルを破壊したが、その間にテクノドロームが地球に送られてしまう。さらに、シュレッダーはエイプリルをさらい、スプリンターをおびき出す。エイプリルを助けに 向かったスプリンターはついにシュレッダーと対決する。

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  ：23分

ついに決戦！ （後編）

クランゲの巨大ＵＦＯがニューヨーク上空にあらわれ街を攻撃。困ったタートルズは、スプリンターのアドバイスをもらいに隠れ家に帰るが、スプリンターはエイプリルを助けに向かったあとだった。タートルズはクランゲＵＦＯに侵入、クランゲ皇帝に脳ミソを吸い取られそうになっていたエイプリルを何とか救け出す。一方、シュレッダーと対決していたスプリンターはカライが自分の娘、ミワだと知らされる。タートルズは、地球を救えるのか！？

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  ：24分