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第1話 空への翼

空港火災に巻き込まれた少女、スバル・ナカジマ。災害救助に訪れた魔導師、『高町なのは』の姿に憧れたスバルは、自身も人を救える魔導師を目指し、試験に挑戦する。

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第2話 機動六課

ある思いから、八神はやてが立ち上げた新設部隊『機動六課』。なのはとフェイトも出向するその部隊に、はやてからのスカウトを受けるスバルとティアナ。

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第3話 集結

機動六課に集結するメンバー一同。前線フォワードメンバー４人は、早速、機動六課の戦技教導官であるなのはの戦闘訓練に挑戦する。機動六課の目的は、危険な古代遺物『レリック』の保守管理。

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第4話 ファースト・アラート

機動六課フォワード陣となのはの訓練の日々は続く。はやては機動六課設立の協力者でもある聖王教会・カリムの元に赴き今後の事件について相談する。その時、突然の警報が鳴り響く。

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第5話 星と雷

4人に合わせて生み出されたそれぞれの専用デバイスを手に、スバル・ティアナ・エリオ・キャロの4人は暴走列車へと突入する。なのはとフェイトが守る空の下、4人はそれぞれの戦いに挑む。

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第6話 進展

初出動を終え、ますます訓練に熱が入るフォワード陣。陸士108部隊では、はやてがスバルの父・ゲンヤに捜査協力を依頼していた。

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第7話 ホテル・アグスタ

ホテルオークションの警備を担当する機動六課。ティアナは六課の優秀すぎる隊員達と平凡な自分を比較し、思い悩んでいた。「自分は何故、六課に呼ばれたのか」

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第8話 願い、ふたりで

痛恨のミスショットをしてしまったティアナ。失敗を必死の努力で乗り越えようとするティアナに、パートナーのスバルは協力し、2人で「強くなるため」の努力をする。

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第9話 たいせつなこと

苛烈な撃墜が行われた模擬戦。想いがすれ違うスターズ隊のメンバー。それを取り戻す時間もないまま、海上に改良型のII型が現れる。心の整理がつかないスバルとティアナに、シャリオはある出来事を伝える。

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第10話 機動六課のある休日(前編）

好調に進んでゆく訓練の日々。そんな中、第二段階終了のご褒美に「丸一日の休暇」を貰うこととなったフォワード4名。街へと遊びに出かけるスターズ＆ライトニングコンビ。4人の｢平和な休日｣の過ごし方は？

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第11話 機動六課のある休日（後編）

レリックと繋がれた謎の少女を保護した機動六課メンバー。市街地の空と地下水路にガジェットが現れ、対応を急ぐ機動六課。異常事態に、はやては自身の限定解除を申請。そして、一同の前に、新たな敵が姿を現す。

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第12話 ナンバーズ

地下と空で続いてゆく戦いと、それを見守る地上本部のレジアス。ルーテシア一行と戦闘するフォワードメンバーと防衛線を続ける隊長陣。機動六課一同を翻弄するかのように行動する敵に一同が取った対抗策とは…。

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第13話 命の理由

機動六課によって保護された少女、ヴィヴィオ。先の事件とヴィヴィオの素性について思案を巡らせる一同。ナンバーズらについて思い当たる節のあるスバル。

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第14話 Mothers&Children

聖王教会・カリムの「預言」という名の危険予測。起こりうる戦いに備えて準備を続ける前線メンバー一同。一方、行き場のないヴィヴィオに対して、なのははある事を心に決める。

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第15話 Sisters&Daughters

事件捜査のため、機動六課に出向となったギンガ。一方、スカリエッティのアジトでは遂に「ナンバーズ」が全機完成。地上本部襲撃に向けて、着々と準備を進める。

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第16話 その日、機動六課（前編）

公開意見陳述会の当日。警備につく機動六課一同。静かに進んでゆく会の最中、スカリエッティは着々と準備を進める。姿を見せない襲撃者たちの意図を計りかねるなのはたち。そんな中、遂に襲撃は開始される……！

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第17話 その日、機動六課（後編）

襲われ、破壊されてゆく地上本部と機動六課。壊滅的な敗戦の最中、懸命に戦うフォワード一同。そして、スバルとギンガに待ち受ける運命とは……。達成されてゆく預言の中、機動六課は……。

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第18話 翼、ふたたび

敗戦の翌日。混乱を隠せないミッド地上と管理局。壊された隊舎と負傷・入院した機動六課メンバー。事件の真相に迫りながら、再起を誓う一同。そして、スカリエッティの真の目的とは……。

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第19話 ゆりかご

艦船アースラを本拠地とした機動六課。戦いに備える一同の元に飛び込んでくる、ナンバーズによるアインヘリアル襲撃事件。そこにいた「１３番目」の戦闘機人。そして、スカリエッティが蘇らせた悪夢の叡智とは……。

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第20話 無限の欲望

地上制圧のため、地上本部へと向かうナンバーズ。明かされるヴィヴィオの出自と誕生の理由。そして、事態を見守る最高評議会の思惑と真意。それぞれの場所で巻き起こる戦いに、六課メンバーは三手に分かれる。

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第21話 決戦

スカリエッティのアジトに突入するフェイトとシャッハ。地上防衛ラインで始まるフォワード陣とナンバーズ・ルーテシアらの戦闘。「再会」を果たすスバルとギンガ。

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第22話 Pain to Pain

ルーテシアへの説得を続けるキャロとエリオ。アジト内でスカリエッティと対峙するフェイト。ゆりかご内部を進むなのは。危険な戦いは、さらなる激化を続ける。

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第23話 Stars Strike

なのはの眼前で、遂に｢聖王｣としての覚醒を迎えてしまうヴィヴィオ。スバルとティアナ、それぞれに訪れる決着の時。未来を賭け、勇気を込めたその一撃は……。

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第24話 雷光

明かされるゼストとレジアスの過去。エリオとキャロ、そしてフェイト。ライトニング隊の｢戦い｣に訪れる決着と、フェイトの決意とは……。

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第25話 ファイナル・リミット

負傷を負いながらも、ゆりかご駆動炉の破壊に命を賭けるヴィータ。聖王化したヴィヴィオと戦うなのは。残りわずかの時間の中、それぞれの場所に訪れる結末とは…？

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第26話 約束の空へ

ゆりかご内部に取り残されたなのは達の救出に向かうスバルとティアナ。フェイト救出に向かうエリオとキャロ。そして終結を迎えるJS事件と、その役目を終える機動六課。第三期シリーズ、堂々完結の最終話。

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