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第1話 共鳴 ―つないだ手―

父がパイロットを務めるシャトルの墜落事故から、一人奇跡的に生還したカミシナ・ジン。彼に注がれたのは、世間からの非難と好奇の眼差しだった。そんなある日、偶然にもジンは、連続殺人事件の現場を目撃する。

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第2話 逢瀬 ―動き出す世界―

ISDAに身柄を拘束されたジンに知らされる、2年前のシャトル事故の衝撃の真実。そしてかつての親友カズキとの思わぬ再会。立て続けに起こる事態に動揺しつつも、再会の約束を信じ、ジンはトアに会いに行った。

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第3話 覚醒 ―集いし翼―

突然現れた怪物の襲撃にさらされる新小笠原ターミナルシティ。事態を収拾するために軍とISDAが動き出す。出撃命令が下り真の姿を現すドラゴノーツ。進行する混乱の中、トアを追おうとするジンの前に現れたのは？

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第4話 飛翔 ―青の果てへ―

新小笠原の騒動から一命を取り留めたジンと謎の青年ギオ。二人を捕えるべく捜索を行うドラゴノーツたち。だが、トアとの再会を望むジンを、ギオはドラゴノーツに引き渡し、あげく自らも投降してしまう。

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第5話 交錯 ―降り出した雨―

地球を離れ、トアを探すジンとギオ。だが未だジンを信用しきれないギオは、ジンを置いて姿を消してしまう。しかしその隙に、ジルアード軍の指揮官ガーネットの魔の手が迫る。果たしてガーネットの仕掛ける作戦とは？

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第6話 再会 ―惹かれあう想い―

利害の一致したドラゴノーツとジルアード軍は、トア捕獲の共同作戦を行うことを決定する。一方、手掛かりを失いつつもトアを探し続けるジンとギオ。果たしてジンは、トアとの再会を果たすことができるのか。

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第7話 追憶 ―水面に映りし心―

月面にある温泉施設にやってきたジンたち。一方、彼らを追ってドラゴノーツも月面温泉にやって来ていた。ドラゴノーツの面々には一般人を巻き込むことなく三人を捕獲せよとの指令が下ったにも関わらず…。

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第8話 別離 ―虚空よりの響き―

突如、トアの脳裏に響く謎の声。その声の導きに、トアは忽然と姿を消してしまう。再び行方をくらませたトアを探し求めるジンとギオ。だが、トアが現れたのは、ドラゴノーツであるライナ・クロムウェルの元だった。

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第9話 決意 ―疾風を越えて―

ジンたちを乗せ、地球に帰還するドラゴノーツのトランスポーター。それを強襲するガーネットの戦闘機部隊。策略にはまり、引き離されてしまうライナたち。守る者のいなくなったトランスポーターをアガシオンが襲う！

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第10話 真実 ―砕けた鏡―

ドラゴノーツに拘束され、離れ離れになったジン、トア、ギオ。ギオは危険因子として離島のドラゴン処理施設に送られ、トアとジンは研究対象としてドラゴノーツ基地地下にそれぞれ監禁されてしまう。

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第11話 鳴動 ―真実を求めて―

キタジマによって、ドラゴン廃棄施設「タルタロス」に移送されるトアだったが、その行路には、ジルアードによる罠が仕掛けられていた。事態をドラゴノーツ基地に知らせようとするキタジマだったが…。

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第12話 強襲 ―灼熱の使者―

タナトスからの新たな使者の到来に出動するドラゴノーツたち。だがそれは、ドラゴノーツたちの目の前で、忽然と姿を消してしまう。不安とパニックに見舞われる新小笠原全土。必死の捜索活動が開始されるが…。

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第13話 光臨 ―示された道標―

トアを探してタルタロスを脱出し、大空へと飛び立ったジンとギオだったが、さらわれたトアの居場所は依然として知れなかった。その間にも進行する新小笠原の破壊。迎撃に出撃するドラゴノーツたちだったが…。

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第14話 朋友 ―違えし未来―

地球圏で立て続けに起きたドラゴンによる騒動に、世間から厳しい追及を受けるISDA。壊滅の危機を退けたものの、休む間もなくDプロジェクトの準備を急ぎ進めることになるドラゴノーツたち。

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第15話 抱擁 ―呼び合う者達―

地球では度重なるドラゴンによる騒動に、タナトスへの攻撃を急ぐ機運が高まっていた。月都市でDプロジェクトの準備を進めるドラゴノーツたち。一方、ジンとギオはトアを追い求めアーシムのいる宮殿へと辿り着いた。

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第16話 慟哭 ―引き裂かれた運命―

傷ついたギオを癒すため、偶然見つけた資源採掘プラントに立ち寄るジンたち。自らの特殊能力でギオの傷を治すトアだったが、その時、トアの体に起きている異変にアキラは気付く。

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第17話 咆哮 ―明星の燃えし時―

トアに執着するアーシムは、トアを自らのものとするため、ジンの命を狙う。執拗に襲い来るアーシムとガーネット。異常を察知したライナとジークリンデは、サカキの制止を無視し、一路ジンたちの元へ向かう。

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第18話 平穏 ―仮初めの日常―

火星の事件を機に、地球でのドラゴノーツたちの立場は激変していた。一方、地下に潜伏しているノザキとキタジマは、再起に向けての準備を進めるのだった…。

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第19話 家族 ―温もりの欠片―

ドラゴン捕獲部隊エクスフォード・フォースによる旧ドラゴノーツメンバーへの追撃の手は緩むことはなかった。一方、散り散りになっていたオトヒメとハバラギにもエクスフォード・フォースの手が伸びるのだった。

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第20話 奪還 ―断ち切られた絆―

タルタロスに収監されているライナ・ハウリングスター・アマデウス・オトヒメを救い出すため、タルタロスへ向かうジンたち一行。だが、その途中、ギオが姿を消してしまう。

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第21話 決別 ―継承せし者―

タルタロスで受けた襲撃により散り散りになってしまったジン・トアとライナたちドラゴノーツ。再び姿を現したギオの振舞いに戸惑うジンとトア。ギオの口からジンに明かされるトアの秘密、タナトスとギオの関係とは？

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第22話 襲来 ―審判の時―

再起に向け、隠れ家で準備を進めるジンとドラゴノーツたち。だが、ギオの変貌にジン、トア、そしてドラゴノーツたちは否応なくドラゴンと人間の存在について再認識を迫られる。

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第23話 散華 ―悲しみと希望と―

それは、最悪の展開だった。タナトスに無謀な攻撃を仕掛けるジルアード軍。タナトスの出現に騒然となる地球全域。そんな中、トアの寿命が短いという事実に苦しみ抜いたジンは、苦渋の決断を下す。

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第24話 逆鱗 ―消えゆく明日―

全世界的な危機は続いていた。もはや人類になす術はないかと思われる中、ジンは宇宙へと向かう。そして、ライナ・ジークリンデたちドラゴノーツは、最終兵器「アイギス」をもって、タナトスへの最後の作戦を試みる。

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第25話 共鳴 ―永遠に響き合うように―

本格化したタナトスによる侵攻に、人類は壊滅の危機を迎える。地球を守る力は、もはやドラゴノーツだけだった。絶望的な戦いに赴くドラゴノーツたち。一方、トア、ギオと共に、ジンはタナトスの中枢を目指す。

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